具有很強的增殖能力和多向分化潛能，在體內外合適的環境中能夠分化為肌細胞、肝細胞、成骨細胞、脂肪細胞、軟骨細胞、基質細胞等細胞。

具有免疫調節功能，通過細胞間的相互作用和細胞因子的產生，可以抑制T細胞的增殖及其免疫反應，從而發揮免疫重建的功能。

具有來源方便、易于分離、培養、擴增和純化的優點，經多次傳代和擴增后仍具有干細胞的特性，不具有免疫排斥的特性。

體內產生炎癥損傷，當它們釋放炎癥信號時，間充質干細胞會持續分泌相關的抗炎分子和抗凋亡分子，形成一個微環境，以促進體內組織修復和再生。

間充質干細胞是一種滋養層細胞，可能存在于所有組織中，支持多種細胞的生存和生長，包括造血細胞、胚胎干細胞、腫瘤細胞、神經細胞、肝細胞、內皮細胞等。

間充質干細胞可以抑制移植物抗宿主反應，促進造血干細胞植入，減少細胞或器官移植后的免疫排斥反應。

異基因間充質干細胞可以在必要時直接參與組織分化和修復。完成任務后，它們逐漸被內源性組織細胞取代，不會在體內停留很長時間。

間充質干細胞是維持組織功能的基礎。任何疾病都與間充質干細胞直接相關：各種物理、化學和生物因素直接或間接作用于組織支架和干細胞微環境，導致損傷、感染、過敏、壞死、免疫力下降、內分泌紊亂、神經系統紊亂、衰老、癌癥等。

只有間充質干細胞才能有組織發生：單細胞生物只有集落，原腸胚階段的生物體有內胚層和外胚層，但仍然沒有組織分化，每個細胞都可以獨立生存；當生命進化或發展到三胚層階段時，真正的組織誕生，間充質干細胞起源于中胚層。

間充質干細胞可以分泌一種稱為hCAP-18/LL37的抗菌肽，具有抗菌作用。

間充質干細胞易于體外擴增，具有多種潛能。它們有望成為組織工程、細胞重編程和細胞轉分化的理想起始材料。

間充質干細胞與血管有關，存在于身體的所有組織、組織液和分泌物中：骨髓間充質干細胞、臍帶干細胞、脂肪干細胞、子宮內膜干細胞、外周血干細胞、毛囊干細胞、牙髓干細胞、粘膜干細胞、羊膜干細胞、母乳干細胞、尿液干細胞等等，它們都含有或本身就是間充質干細胞。

可修復血管纖維化、肝纖維化、肺纖維化等。

間充質干細胞可能有自己的開/關調節機制，而這種調節機制的關鍵可能是體內是否存在炎癥信號。

間充質干細胞是組織的建設者和功能維持者：間充質干細胞負責在組織形態發生中構建支架，分化為骨、軟骨、脂肪和纖維等結締組織，并形成器官發育的框架結構；此外，間充質干細胞可以分泌數十種因子，為各種分化細胞提供營養。

異基因移植間充質干細胞主要通過分泌細胞因子調節微環境，激活內源性干細胞在組織修復中發揮作用。

間充質干細胞是各種細胞生態位的構建者和維護者：體內的各種細胞只有在一個獨特的生態位中才能發揮正常作用。間充質干細胞負責構建各種生態位并分泌維持其功能所需的各種因子，如肌肉細胞生態位、神經細胞生態位、造血干細胞生態位、上皮細胞包生態位、腫瘤細胞生態位等；另一方面，間充質干細胞也通過免疫調節隔離不同的生態位，以避免不同生態位之間的沖突。